Die St.Galler Kaufleute pflegten bereits im 16. Jahrhundert rege Handelsbeziehungen zu Frankreich, insbesondere zu den Handelshäusern in Lyon.  1685 wurden rund 150 Hugenotten in St.Gallen als Glaubensflüchtlinge aufgenommen. Für die Flüchtlinge wurden Gottesdienste in französischer Sprache durchgeführt, das Kaufmännische Corporation (die heutige IHK) übernahm die Besoldung des Pfarrers.

Obwohl bereits 1772 die Zahl der Mitglieder der Hugenottengemeinde auf 22 Personen geschrumpft war, blieb die Eglise française de St-Gall als Institution der Kaufmännischen Corporation und seit 1991 der IHK St.Gallen-Appenzell bestehen.

Seit kurzem ist die Eglise française in einem neuen und zukunftsfähigen Organisationsmodell aufgestellt. Eine Stiftung ist heute für die Kirche zuständig, welche aber noch immer unter dem Patronat der IHK steht.